深圳
慢性乙肝患者存在机体免疫缺损，低下和紊乱，临床上有一些患者经过治疗后症状缓解，肝功能正常，血清HBVDNA阴转，但过了几个月以后病情复发，肝功能再次异常，HBVDNA又是阳性，其根本原因是体内病毒并未完全消灭，而长期持续存在，一旦机体免疫功能下降，病毒又会重新复制，又会激发体内免疫功能，破坏被感染的肝细胞。
混合感染
乙肝患者可感染丙肝，在慢性乙肝中发生丙肝感染者约10%，乙肝病毒被抑制，丙肝病毒，可能激活。丁肝病毒是一种缺陷病毒，必须依赖乙肝病毒的阳3出才能复制，有时便和乙肝病毒同时感染人体。某些“非嗜肝病毒”，如巨细胞病毒、EB病毒、柯萨奇病毒、疱疹病毒等，也会感染乙肝患者，使转氨酶再次升高。
乙肝病毒变异
乙肝病毒是最易变异的病毒之一，变异原因之一是人体免疫压力，为逃避免疫围剿而变异；‘’变异原因之二是抗病毒药物的“逼迫”，为了抵御抗病毒药的攻击而变异。病毒变异可能导致转氨酶的再次升高。
自然波动
慢性乙肝在治疗过程中出现谷丙转氨酶、谷草转氨酶升高，有时是自然波动的结果。所谓自然波动，是乙肝病程中的一种自动反应，即使应用抗病毒药也不能避免这种波动，转氨酶下降也常以曲线形式显示，只要总体上呈下降趋势就可以了。在应用抗病毒药的过程中，发现转氨酶上升，也可能是好事，说明身体内出现了免疫应答，免疫细胞进入清除病毒阶段，提示治疗有效。
擅自用药
一些患者病愈心切，擅自应用“保肝”、“强肝”药等；有的轻信广告，不断服用药效可疑的各种所谓的“转阴”药。他们不了解有的药物本身就有肝毒性，多用滥用后必将引起肝损伤。在肝炎患者中有10%～20%为药物性肝病，据统计，目前有500～1000种药可致肝损伤。
不遵医嘱
治疗中随意停药、漏服或加服，有人以为这没有什么关系，殊不知抗病毒药需要长期服用，按医嘱用药才能保证病情不反弹。
饮酒
这是最常见的原因之一，特别是某些病情稍轻的乙肝患者，由于担心别人自己知道是乙肝患者，往往不能把握自己，经常在应酬中饮酒，酒精进入体内，被乙醇脱氢酶作用后生成乙醛，乙醛对肝脏具有很大的毒性。
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