中国中医科学院眼科医院始建于1994年，隶属于中国中医科学院，是国家中医药管理局在京直属医院之一，是一所承担医疗、科研、教学任务，具有专科特色的“三级甲等中医医院"。是世界中医药学会联合会、中华中医药学会、北京市中医药学会、北京市中西医结合学会等眼科专业委员会挂靠单位；中医眼科是国家卫生部重点专科建设单位，是国家中医药管理局“十五"、“十一五"重点专科（专病）建设单位，其中眼底病、眼表疾病、糖尿病视网膜病变、青光眼神经眼科是国家中医药管理局“十二五"重点专科建设项目。

2007年成为国家中医药管理局“十一五"重点专科眼科协作组牵头单位、北京市中医眼科特色诊疗中心项目建设单位、国家中医药管理局及北京市中医管理局“治未病"临床基地、国家中医药管理局中医优势学科继续教育基地、北京市中医管理局薪火传承“3+3"工程唐由之名医工作室建设单位、世界卫生组织传统医学眼科疾病诊疗方案的编制单位、北京市医保定点单位。眼功能实验室为国家中医药管理局三级实验室。医院科研、医疗、教学综合能力在全国中医眼科领域处于先进水平。