民航总医院开院时最早建立的神经外科，也是医院的重点发展科室。神经外科由全国知名神经外科专家于炎冰教授作为首席专家，并且组建专家团队;目前团队以功能神经外科为专长、微侵袭神经外科为主要发展方向的特色，在小儿神经外科、颅面神经外科等方面在国内具有优势。其中MVD(微血管减压术)治疗面肌痉挛、三叉神经痛、舌咽神经痛、等颅面神经疾患、手术治疗脑瘫等方面居国内领先水平。