目前设有党办、院办、人事科、宣传科、财务科、经管科、审计科、科教科、医保科、医务科、中医管理科、护理部、信息科、病案科、预保科、院感科、门诊部、设备科、保卫科、总务科20个职能科室；设有内一科（消化、血液）、内二科（心血管、内分泌）、内三科（神内）、内四科（呼吸、肾病）、外一科（神经外科、胸外科）、外二科（骨科）、外三科（普外）、外四科（泌尿外）、妇产科、儿科（普儿、新生儿）、眼科、耳鼻喉科、中西医结合科、重症医学科(ICU)、麻醉科、手术室、急诊科、感染性疾病科、疼痛科、康复医学科、中医科、体检科、皮肤科、口腔科、病理科、功能科、影像科、药剂科、检验科、输血科、消毒供应室、静脉采血室、营养室33个临床医技科室。科室各有特色和优势，各科室均聘有四川大学华西医院、四川省人民医院专家教授定期来院指导工作。医院拥有飞利浦64排128层ＣＴ、日立0.3T核磁共振（MRI）、史塞克腹腔镜、气压弹道碎石机、飞利浦DR系统、实体三维彩超、1000mAx光机、日本欧林巴斯电子胃镜、肠镜、日本日立全自动生化仪、德国贝朗血液透析机、动态心电动态血压系统、眼科用手术显微镜、外科用手术显微镜、生物物理治疗仪、免疫分析仪、鼻科动力系统、弹道碎石系统、白内障超声乳化仪、经颅多普勒、新生儿呼吸机、神经重建分析仪等先进医疗设备共400余台件。