医院设有分院1个(深圳市中西医结合医院)和临床医技科室58个，有国家省市重点专科24个，重点实验室(研究所)16个， 其中：国家临床重点医学专科科1个(骨科)，国家发改委工程实验室1个(国家地方联合肿瘤基因组临床应用关键技术工程实验室)，国家中医药管理局重点实验室2个(舌诊原理与应用重点研究所、蛋白质组学三级实验室)和国家卫生部脑卒中防治基地医院1个。省重点医学专科7个(骨科、神经外科、泌尿外科、血液病科、中西医结合老年病科、耳鼻喉科、康复科)。深圳市优势重点学科(群)、重点医学专科14个(神经学科群、骨科运动医学科群、泌尿外科学科群、口腔科学科群、骨关节科、脊柱外科、创伤骨科和手外科、血液内科、肾病学、烧伤整形科、甲状腺乳腺外科、康复医学科、内分泌科、临床护理)。深圳市重点(工程)实验室和公共技术服务平台9个(组织工程重点实验室、肿瘤基因组临床应用工程实验室、泌尿生殖系统肿瘤重点实验室、肿瘤免疫基因治疗临床应用工程实验室、合成生物学工程实验室、数字骨科技术工程实验室、重大疾病体外诊断公共技术服务平台、纳米磁性复合活性人工骨科技创新平台、脑卒中筛查与防治公共服务平台)。研究所4个(深圳市血液病研究所、深圳市中西医结合老年病研究所、深圳大学糖尿病基础与临床研究所、深圳大学泌尿生殖研究所)。有国家卫生部内镜专业技术培训基地8个(普通外科、泌尿外科、骨科、消化科、神经科、妇科、口腔科、耳鼻咽喉头颈科)。有广东省专科医师培训基地12个(神经内科、神经外科、耳鼻喉科、妇产科、全科医学、口腔科、急诊、康复科、麻醉科、医学影像科、医学检验科、管理)。近年来,医院年门急诊量超过260万人次, 出院病人超过5万人次, 住院手术超过2万台次。医院在全市100多家医院医疗质量整体评估中, 连续8年获得三级医院前3名。医院有博士研究生培养点4个, 导师10名; 硕士研究生培养点26个, 导师62名。与中山大学等六所院校建立教学医院或临床医学院关系。医院是中山大学博士后联合培养基地，2007年获“博士后创新实践基地”称号。

近年来，医院承担一批国家自然科学基金、国家“863”、“973”等重大科研项目;在Nature、Nature Genetics、Nature Biotechnology 和Cell 等国际著名刊物发表一批高水平论文;在知名出版社出版一批有较高学术价值的专著;获得一批省、市级科研成果及国家发明专利。借助国家公立医院改革的东风，医院全力打造研究型现代化医院，目前正在组建优势学科。