抗乙肝病毒药主要有两类：长效干扰素和核苷(酸)类似物，前者是需要皮下注射的，后者口服即可，因此，通常大家都觉得核苷(酸)类似物服用方便，安全性也好。就总体而言，这种看法没什么大碍，口服抗病毒药总体安全性和耐受性确实不错，但是临床应用还是有不良反应，甚至是少见、罕见严重的不良反应的发生。考虑到口服抗病毒药通常都需要长期、甚至是终身服用，一味的强调口服抗病毒药的安全性好，容易让人麻痹大意，酿生问题。
核苷(酸)类似物长期治疗会出现的需要留意的副作用主要有：如肾功能不全(主要见于阿德福韦酯治疗)、低磷性骨病(主要见于阿德福韦酯、替诺福韦治疗)、肌炎(主要见于替比夫定治疗)、横纹肌溶解(主要见于替比夫定)、乳酸酸中毒等(可见于拉米夫定、恩替卡韦、替比夫定)。2015年版的美国肝病学会慢乙肝指南还特别用一个专门的部分讨论口服抗病毒药与骨病和肾病之间的关系，可见，这类药物的副作用已备受关注。
为了防治口服抗病毒药的副作用，一方面，要注意在治疗开始前认真、仔细的与医生沟通相关病史，以减少风险。例如，如果发现已有肾功能下降的问题，医生就会更谨慎用药，或者是有针对性的调整用药剂量。
另外一方面，必须加强对口服抗病毒药的随访监测，即使病情比较稳定，也一定要定期随访，要注意去医院不光是开药，还必须定期作检查。具体而言，服用替比夫定的患者，应每3-6 个月监测CK;服用替诺福韦或阿德福韦的患者应每3-6 个月监测肌酐、血磷。
如果监测发现治疗中出现血肌酐、肌酸磷酸激酶或乳酸脱氢酶明显升高，并伴相应临床表现，例如全身情况变差、明显肌痛、肌无力等症的患者，应密切观察，出现不良反应医生也会相应的给于治疗干预，必要时应及时停用原药物改用其它药物。
总之，口服抗病毒药虽然总体安全性不错，但长期应用的安全性还有待观察，治疗中不可大意，应积极监测，早期发现和治疗。
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