乙肝病毒已经和人体的肝细胞核和整合在一起，衰老的肝细胞死亡以后，新生的肝细胞生成，乙肝病毒与肝细胞一起再生，因此乙肝病毒长期甚至终生存在于肝细胞内，即使表面抗原转阴了，乙肝病毒基因仍然在体内存在。
乙肝病毒既然是长期携带的病毒，甚至终生携带，它必然要复制自己的后代，HBVDNA就是乙肝病毒复制的一个标志，复制程度有不同，复制有快有慢，有高有低，HBVDNA滴度高，只说明乙肝病毒复制能力强，以及乙肝病毒传染性的程度，HBVDNA越高，传染性越强。
HBVDNA是进行抗病毒治疗的一个条件，但它并不是决定性的条件。只有HBVDNA达到一定程度的滴度的同时ALT升高到正常值上限两倍或更高或肝穿刺有G2、S2或肝脏弹性纤维化（肝硬度）达到中等度，才可以进行抗病毒治疗；有肝硬化证据的患者，无需考虑HBV DNA和ALT，就可以进行抗病毒治疗。
HBVDNA还可以作为抗病毒治疗疗效的判断标准之一，HBVDNA逐步下降，说明抗病毒治疗有效，如抗病毒治疗多月，HBVDNA一直不降，说明疗效不佳，如HBVDNA短期内下降较快，说明抗病毒疗效较佳；但如HBVDNA下降后再反弹上升10的1次方，说明发生耐药。
总之，是否抗病毒治疗，并不取决于HBV DNA，不达到治疗条件，不能盲目治疗，必须等待时机，否则治疗也只能南辕北辙，降低治疗疗效，引发药物耐药，扰乱人体自身免疫平衡，甚至终生得不到治愈。
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